針對河南村鎮銀行儲戶稱南京銀行(601009)為結算行一事，7月13日深夜，南京銀行官網發布《商業銀行代理村鎮銀行資金清算業務說明》（下稱《說明》）進行了回應，稱其“只作為資金清算通道，不承擔資金風險”。

《說明》顯示，村鎮銀行的資金清算都是通過有清算資格的商業銀行代理的。商業銀行代理村鎮銀行清算是根據《中國人民銀行關于改善農村地區支付服務環境的指導意見》和《支付結算業務代理辦法》規定依法合規開展，是一項常規的代理業務。在代理清算過程中，作為代理清算行的商業銀行，負責清算指令的接收和按指令收付資金工作，只與被代理行和人民銀行發生清算關系。

《說明》舉例稱，比如，匯款人要將其在A銀行的資金轉給村鎮銀行，A銀行受理后，將該筆資金轉入A銀行在人民銀行開立的備付金賬戶，人民銀行根據A銀行的清算指令，將該筆資金轉入村鎮銀行的代理清算行在人民銀行開立的備付金賬戶，并通知代理清算行，代理清算行根據該指令，將該筆資金轉給村鎮銀行。在資金轉給村鎮銀行后，代理清算行的工作完成。

據紅星新聞此前報道，有禹州新民生村鎮銀行的儲戶稱，在追查錢款的流向時，發現南京銀行也卷入其中。一位儲戶表示，其此前把多筆錢款從個人的招商銀行(600036)賬戶轉至禹州新民生村鎮銀行的賬戶。目前，這筆錢已經無法取出。

由于網絡上盛傳儲戶的錢從未入過禹州新民生村鎮銀行的賬目，為了追查錢款的流向，該儲戶表示，他當時打算向招商銀行提起訴訟，而招商銀行方面出示了相關證據，證明錢已轉出。

根據報道，招商銀行方面向上述儲戶透露，南京銀行是禹州新民生銀行(600016)的結算銀行，故招商銀行向南京銀行和禹州新民生村鎮銀行均發送了查復書。

上述儲戶提供的一份查詢查復書顯示，招商銀行向南京銀行詢問：是否收到相關的3筆資金，并劃轉至禹州新民生村鎮銀行。如是，請回復具體劃轉時間及結果。但儲戶表示兩家銀行均遲遲未有回復。